Desde siempre el Colegio ha contado con una correcta dotación de salas- laboratorio para la impartición de las diferentes áreas científicas. (fotos 18, 19, 20). Cabe señalar el laboratorio de Ciencias naturales, uno de los primeros de la ciudad, D. Luis Heintz, insigne director del Colegio inició una grandiosa colección de fósiles y piedras de la geografía alavesa por los años 18xx.